Miyazaki luôn giữ vị trí then chốt trong quá trình làm các bộ phim của mình, ông thường kiêm luôn hai vị trí biên kịch và đạo diễn. Ở những bộ phim ở thời kì đầu, Miyazaki luôn tự mình kiểm tra lại từng bức vẽ sẽ được dùng cho phim, tuy nhiên một mình ông không thể đủ sức khỏe để làm việc này nên ở các tác phẩm sau này ông chia sẻ một phần việc kiểm tra cho các đồng nghiệp ở hãng Ghibli. Trong một cuộc phỏng vấn năm 1999, Miyazaki đã nói, "ở vào tuổi này, tôi không thể làm việc được nhiều như trước kia. Nếu các đồng nghiệp có thể giúp đỡ tôi và tôi có thể tập trung vào việc đạo diễn, thì vẫn còn nhiều bộ phim mà tôi muốn làm."[3]

Miyazaki sử dụng cách làm phim hoạt hình truyền thống (vẽ tay) trong suốt quá trình làm phim. Tuy nhiên, việc tạo hình bằng đồ họa vi tính cũng đã được sử dụng trong bộ phim Công chúa Mononoke để mang lại cho vài cảnh phim "hiệu quả hình ảnh của kỹ thuật số."[4]. Trong một cuộc phỏng vấn với tạp chí Financial Times, Miyazaki trả lời rằng "với tôi việc giữ được tỉ lệ hợp lý giữa việc sáng tác bằng tay và bằng máy tính là rất quan trọng. Tôi đã nhận ra được cách cân bằng giữa chúng và cách nào để tôi vừa có thể sử dụng cả hai và vừa có thể vẫn gọi những bộ phim của mình là hoạt hình 2 chiều (2D)"[5]. Việc vẽ trên máy tính cũng đã được thực hiện lần đầu tiên cho vài phần của Công chúa Mononoke để kịp tiến độ phát hành phim. Ở các bộ phim sau của Miyazaki, việc này được coi là bình thường.